bioMérieux lanciert EPISEQ^® SARS-COV-2, eine cloudbasierte Software-Anwendung zur epidemiologischen Überwachung von SARS-CoV-2-Varianten

Die Mutation von Viren ist ein natürlich vorkommendes Phänomen, das zur Entstehung von Varianten führt, die unterschiedliche Eigenschaften haben können. Derzeit zirkulieren weltweit eine Reihe von SARS-CoV-2-Varianten. Einige dieser Varianten stehen wegen ihrer Auswirkungen auf die Pandemie (erhöhte Infektiosität oder Schwere der Infektion, mögliches Entkommen einer Impfung) unter besonderer Beobachtung. Die genomische Überwachung der Zirkulation von Mutanten ist daher für die öffentliche Gesundheit unerlässlich.

EPISEQ^_® SARS-COV-2 ist eine neue, weltweit eingeführte Anwendung zur Identifizierung von SARS-CoV-2-Varianten anhand von Proben von positiven Patienten. Die Plattform wird jede Woche automatisch aktualisiert und identifiziert Varianten auf der Grundlage internationaler Nomenklaturen*, einschließlich aller neuen besorgnis-erregenden Varianten (Variant Of Concern, VOC), die von der Weltgesundheits-organisation und den US Centers for Disease Control and Prevention definiert wurden.

EPISEQ^_® SARS-COV-2 ist mit den drei wichtigsten Sequenzierplattformen (Illumina, Oxford Nanopore, Thermo Fisher) kompatibel und kann von jedem mikrobiologischen Labor ohne Bioinformatik-Kenntnisse oder Computer-Ressourcen verwendet werden.Die Anwendung ermöglicht den Export von viralen Genom-Assemblierungen und Mutationen, um das Berichtswesen an nationale Gesundheitsbehörden und für epidemiologische Studien zu erleichtern.

“Mikrobiologen haben es heute mit umfangreichen Datensätzen zu tun und müssen diese in aussagekräftige Informationen übersetzen, die sich auf klinische Entscheidungen und Maßnahmen der öffentlichen Gesundheit auswirken. EPISEQ^_® SARS-COV-2 ist genau die richtige Antwort auf diese Herausforderung. Es ermöglicht die gründliche Analyse komplexer viraler genetischer Sequenzierungsdaten, ohne dass dafür spezielle Kompetenzen in Bioinformatik oder große Hardware-Investitionen erforderlich sind." sagte Mark Miller, Executive Vice President, Chief Medical Officer.

Auf der Basis unserer Expertise in der Mikrobiologie und Informatik hat bioMérieux BIOMÉRIEUX EPISEQ^_® entwickelt, eine genomische cloudbasierte Computer-Plattform, die Labore bei der Nutzung von Next Generation Sequencing (NGS)-Technologien und der Interpretation ihrer Ergebnisse unterstützt. Mehrere NGS- und cloudbasierte Softwaremodule wurden für diese Plattform entwickelt.

“bioMérieux verfolgt die Strategie, das enorme Potenzial von diagnostischen Daten wirksam einzusetzen, um den Kampf gegen Infektionskrankheiten zu unterstützen. Daher haben wir Anfang des Jahres beschlossen, unsere umfassende Expertise in den Bereichen Data Science, Softwareentwicklung und Bioinformatik zu nutzen, um eine einfach zu bedienende Anwendung für unsere Kunden zu entwickeln, die Next Generation Sequencing zur Identifizierung von SARS-CoV-2 Varianten nutzt.” sagte Pierre Boulud, Chief Operating Officer, Clinical Operations.

* Pango and Nextstrain